La-Mulana2の世界観は1とまったく同じ、完全なる続編です。
1でラ・ムラーナ遺跡の謎が解かれ、モンスターやトラップなどの危険はなくなりました。そこで村の長老主導でラ・ムラーナ遺跡を観光地化させ、今では1のスタート地点であった「旅立ちの村」は遺跡へと旅立つ観光客のための村となりました。
ラ・ムラーナ遺跡のほうは前作の主人公ルエミーザ博士が遺跡の謎を解いた後に崩壊してしまったため、観光地化と同時に修復が進んでいます。観光客が実際に入れる場所は非常に限られています。
そして前作から5年後、観光地化した遺跡に異変が起きます。どこからか再びモンスターが現れたのです。
そこで村長はラ・ムラーナ遺跡の謎を解いたルエミーザー小杉博士親子に連絡を取りますが連絡が付きません。
それもそのはず、博士は遺跡崩壊の張本人です。学会で研究成果を発表したはいいが、貴重な遺跡を壊しまくったことで責められてもいます。遺跡に顔を出せるわけがありません。
そして依頼の手紙を勝手に読んだ博士の娘が村に来るところから物語は始まります。